ห้องสะอาดใช้แผ่นกรองอากาศ HEPA และ ULPA และอัตราการเก็บฝุ่นสูงถึง 99.97~99.99995% จึงกล่าวได้ว่าอากาศที่กรองด้วยแผ่นกรองนี้สะอาดมาก อย่างไรก็ตาม นอกจากคนแล้ว ยังมีแหล่งกำเนิดฝุ่นอีกด้วย ห้องสะอาด เช่น เครื่องจักร เมื่อฝุ่นที่เกิดขึ้นแพร่กระจายออกไป พื้นที่สะอาดก็ไม่สามารถรักษาไว้ได้ ดังนั้น ต้องใช้การไหลเวียนของอากาศเพื่อระบายฝุ่นที่เกิดขึ้นออกไปด้านนอกอย่างรวดเร็ว